無論是從原野戰鬥無縫銜接至指令戰鬥的獨特戰鬥系統，還是根據玩家採取的行動使 LAW / GRAY / CHAOS 參數變動的 LGC 陣營要素等前作的優點，在《英雄傳說 黎之軌跡 II -緋紅原罪-》中都獲得承襲與改進，以共和國篇新章節之姿登場。
本作故事設定在前作一年後，卡爾瓦德共和國首都伊迪斯發生了 CID（中央情報省）特種部隊被未知對象殘殺的慘劇。卡爾瓦德警方與游擊士協會為了解決事件而展開行動，黑社會也因為察覺到新一波紛擾的趨勢而在暗中展開行動。在這樣的局勢下，「地下萬事屋」迎接了意外的訪客，並以此為契機著手展開調查。究竟是誰主導了這一起屠殺案？目的是什麼？而追求曾祖父最後遺產「第八蓋尼西斯」的亞妮艾絲又是如何呢？
